Hola, Miriam. Se puede, desde la consola de administración, crear subdominios de tu dominio principal. Esos subdominios no tienen coste, pero deberás configurar con tu servidor de nombres (DNS) las redirecciones de correo para el subdominio. Si lo hacéis así tendríais el dominio principal apmendibil.eus50 para las cuentas de profesorado y administración; y un dominio secundario alumnado.apmendibil.eus69 para los alumnos.
Creo que es la solución más extendida y simple. Mantener dos dominios independientes configurando las relaciones de confianza entre ellos es más complejo de administrar
