Imagino @Antonio Jimenez Botella6 que te refieres a aplicaciones Android en Chromebooks. La activación del Google Play gestionado es efectivamente por dominio, pero puedes habilitarlo únicamente en las OU que te interese. Además puedes gestionar apps diferentes según OU, por ejemplo para profes y para el alumnado según ciclos o etapas.
Echa un ojo a este artículo de soporte.