Hola Endika.
Tienes razón en lo que dices, pero, hasta donde yo sé, aún no tiene solución; cuando editas un documento con el Ipad en la app de Classroom usando el apple pencil, te hace una copia en pdf. El niño lo ve en la tarea de classroom perfectamente organizado, pero al profesor se le guardará esa copia Pdf en su drive, lo que provoca que te juntes con un montón de archivos sueltos en tu carpeta principal.
Siento no poder ser de mayor ayuda.
Un saludo.