Hola Antonio.
No me termina de quedar claro lo que estás haciendo pero te cuento, yo utilizo perfiles diferenciados en Chrome21 para cada una de las cuentas, creando un acceso directo en el escritorio para cada uno de ellos.
Por lo que indicas, quizás lo estás haciendo así también pero no entiendo por que se borran al cerrar el navegador. ¿Quizás tienes configurado para borrar caché y cookies al cerrar de forma automática?