¿Debo configurar algo en la consola para poder tener varios usuarios en el navegador en un ordenador windows? Tengo como predetermindado mi cuenta personal de gmail en el pc y al añadir el usuario de mi cole(GSUITE) se me sincroniza todo perfecto y me crea un acceso directo en el escritorio pero al cerrar el navegador desaparece ese usuario y el acceso directo del escritorio..... GRACIAS!

Creo que tienes que distinguir que el navegador crome guarda una de las cuentas como predeterminada. En la derecha veras tu perfil. Una vez accedes a un servicio de gsuit o Google tendrás otro perfil el mismo o  incluso podrás seleccionar el que te interesa y si te los mostrara como guardados. 

Hola Antonio.

No me termina de quedar claro lo que estás haciendo pero te cuento, yo utilizo perfiles diferenciados en Chrome41 para cada una de las cuentas, creando un acceso directo en el escritorio para cada uno de ellos.

Por lo que indicas, quizás lo estás haciendo así también pero no entiendo por que se borran al cerrar el navegador. ¿Quizás tienes configurado para borrar caché y cookies al cerrar de forma automática?

A mi me pasó lo mismo. Yo creaba el perfil, añadía acceso directo en el escritorio, pero al cerrar el navegador, desaparecía. 

Lo solucioné deshabilitando el modo efímero, se hace de la siguiente forma:

En el panel de administrador te diriges a "dispositivos"/ Ademisintración de Chrome/ Configuración de usuario y navegador/ (te situas en la Unidad Organizativa que te da problemas) y buscas "Forzar Modo Efímero". Debes ponerlo en "no borrar datos de usuario locales".

Espero que te sirva. Un saludo.