Hola, entiendo que los alumnos tienen cuenta en el dominio y es la que usan para emtrar. Si es así no deberías tener problemas.
La única opción que se me ocurre es que algunos alumnos no sepan loquearse con su cuenta corporativa, y que por eso no puedan entrar en tu classroom.
Si el logueo es correcto, yo hablaría con soporte