Si usas la rúbrica solo para evaluar y no para calificar, no hay problema. En algunos aspectos el alumno solo verá el nivel obtenido en la columna de coevaluación y en otros en autoevaluación.
Si, además, con la rúbrica quieres obtener una calificación global, entonces sí vas a tener dificultades, ya que obtendrás la media de Coevaluación, pero faltarán aspectos por evaluar y, por tanto, será más baja de lo que tocaría. Igual con la Autoevaluación.
En ese caso, mejor crear dos rúbricas distintas, una solo para Autoevaluación y otro solo para Coevaluación.