Hola,
Miembros de esta comunidad con más conocimientos técnicos en consola, como @BalBino Fernández Revuelta26 te lo explicarán mejor que yo, pero puedes crear cuentas de manera automatizada a través de ficheros CSV sin problema.
En cuanto a la segunda cuestión, la primera ventaja que se me ocurre respecto a usar G Suite con estudiantes y no cuentas privadas es que, si estos son menores de edad, las privadas no son legales. Cuestión de protección de datos, claro.
Si quieres respetar la LOMCE, RGPD, LOPD y demás normativa, el alumnado debe disponer de cuentas creadas y gestionadas por el centro, que básicamente se asegura de que se usen para fines educativos limitando permisos y aplicaciones en función de la edad y necesidades de su alumnado.
Más allá de lo legal, la capacidad de colaboración y distribución de contenido dentro de un dominio, es mucho más sencilla que con cientos de cuentas privadas. Las comunicaciones se simplifican muchísimo también.
Un dominio también permite gestionar dispositivos, cómo Chromebooks o tablets, de manera remota.
En fin, que si dispones de un dominio creo que no hay duda alguna.