Buenas Andrés,
Yo no diría que se sobrecarga Drive. Date cuenta que en realidad esos archivos están en la nube, y desde nuestro "Drive" lo que tenemos son accesos a los archivos. Suelo decir que son como los accesos directos que se tiene en windows.
La razón por la que aparece en "compartido conmigo" es porque Classroom funciona directamente a través de Drive. De hecho, cuando un alumno "entrega" su copia, la propiedad cambia del alumno al profesor. Y al ser devuelto, la propiedad se le devuelve al alumno. Aun así, el profesor seguirá acceso al archivo por el sistema de carpetas en Drive, porque está compartido con permiso de edición por defecto. Y es la razón por la que aparece en "compartido conmigo".
De hecho, aunque muevas un archivo o carpeta cualquiera de "compartido conmigo" a "mi unidad" seguirá apareciendo (durante un tiempo) en "compartido conmigo" porque la realidad es esa, son cosas que están compartidas contigo, a pesar de que hayas añadido ese "acceso directo" a tu unidad.
Espero haberme explicado y que te sirva. El sistema de permisos y demás me intriga y suelo hacer unas cuantas pruebas. De hecho, al contestar me ha entrado ganas de ver qué pasa en el momento que se archive la clase.
Saludos!