¿Alguien más tiene el problema de clases automáticamente archivadas en classroom?, soy profesor y eso hace que se eliminen los links que les envío a mis alumnos.

Es la primera vez que veo este problema que comentas y es francamente raro. Te recomiendo que hables con soporte de Google para que investiguen qué puede estar pasando para que se archiven las clases de manera autónoma.